Yên Tử là nơi tu hành của vua Trần Nhân Tông. Chùa Đồng xưa khi Phật Hoàng Trần Nhân Tông tới Yên Tử và sau khi Ngài viên tịch đều chưa có. Vào thế kỷ 17, thời hậu Lê, một bà phi của chúa Trịnh phát tâm công đức khởi dựng chùa, làm bằng khung sắt, mái đồng, quy mô nhỏ như một khám thờ; ngoài ra tượng Phật, chuông, khánh bên trong đều được làm bằng đồng. Đến năm Canh Thân 1740 đời vua Lê Cảnh Hưng, bão lớn làm đổ chùa, chỉ còn lại dấu tích các hố chôn cột trên mỏm đá. Năm 1930, chùa Long Hoa có bà Bùi Thị Mỹ đã tái tạo chùa Đồng bằng bê tông cốt thép trên một hòn đá vuông nhằm trúng vị trí chùa Đồng cũ.

Năm 1993, ông Nguyễn Sơn Nam, Việt kiều ở Mỹ, cùng với các Phật tử hải ngoại công đức tái thiết một ngôi chùa bằng đồng dựng bên cạnh ngôi chùa năm 1930, quy mô cũng nhỏ như một khán thờ.[2]

Ngày 03 tháng 6 năm 2006 dưới sự chủ trì của Tiến sĩ Phật học Đại Đức Thích Thanh Quyết (Thượng tọa Thích Thanh Quyết) và Ban Quản lý Dự án chùa Đồng, bằng công đức thập phương trong và ngoài nước đã khởi lễ đúc chùa Đồng theo mẫu thiết kế của kiến trúc sư Trần Quốc Tuấn – Viện Bảo Tồn Di Tích. Chùa được khánh thành vào ngày 30 tháng 01 năm 2007, tọa lạc trên đỉnh non thiêng ở vị trí giữa hai ngôi chùa được xây dựng trước đây.[3]